Sprawa trafiła do sądu z powodu konfliktu pomiędzy krakowskim biurem podróży Skarpa Travel a polskimi organami podatkowymi. Strony nie mogły dojść do porozumienia odnośnie właściwego momentu opodatkowania zaliczek od klientów na poczet przyszłych usług. Touroperator utrzymywał, iż podatek VAT staje się wymagalnym dopiero wtedy, gdy znana jest ostateczna wysokość marży. Według organu biuro jest jednak zobowiązane rozliczyć podatek już w momencie otrzymania od klienta zaliczki, biorąc pod uwagę przewidywane przychody oraz koszty.
Biuro Skarpa Travel nie zgadzało się z opinią organów, argumentując, iż niemożliwym jest jednoznaczne określenie wartości marży podlegającej opodatkowaniu. Tym samym przekazany podatek VAT byłby oparty jedynie na oszacowaniach. W związku z tymi nieścisłościami NSA zwrócił się z zapytaniem do TSUE, pragnąc wyjaśnić, czy zasada traktująca o wymagalności podatku VAT w wypadku zaliczek dotyczy również marży przewidzianej dla usług turystycznych. Trybunał wystosował do NSA następującą odpowiedź:
„Przepisy dyrektywy Rady 2006/112/WE z 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że obowiązek podatkowy z tytułu zaliczek otrzymanych przez podatnika świadczącego usługi turystyki, opodatkowane w procedurze szczególnej przewidzianej dla biur podróży w art. 306-310 dyrektywy 2006/112, powstaje w momencie określonym w art. 65 tej dyrektywy, tzn. w chwili otrzymania odnośnej zaliczki. W tym momencie VAT należy naliczyć od marży określonej jako różnica między sumą otrzymanej zaliczki a odnośnym odsetkiem całkowitych przewidywanych kosztów dla danej transakcji.”
Szczególne wątpliwości wzbudzał art. 109a ust. 8 ustawy o VAT. Zgodnie z jego treścią, kiedy przed dokonaniem dostawy towaru lub wykonaniem usługi otrzymano zapłatę lub jej część, obowiązek podatkowy powstaje wraz z chwilą jej otrzymania.
Obecnie VAT należy więc naliczyć od marży określonej jako różnica między sumą otrzymanej zaliczki a odnośnym odsetkiem całkowitych przewidywanych kosztów dla konkretnej transakcji.
